Man har jagat i skärgården ända sedan 1500-talet då öarna började bosättas. Detta kan man se i vissa bevarade handelsdokument, där skinn var en stor produkt. Räven var det vanligaste djuret som härjade på ön, men det fanns även större rovdjur som björn. Herr Johan, en kyrkoherde, dödades av en björn vid Kallax och det sägs även att två oxar revs ihjäl av en björn 30 år senare. Det har även vistats varg på en del öar.
Det som jagats mest både då och nu är småviltet, såsom skogsfågel och hare. Ekorren blev nästan utrotad på skärgårdsöarna då skinnet var en god biinkomst till fisket.
Vildrenen, som är större än fjäll- och tamrenen men mindre än älgen, har man även jagat. Det blev dock förbjudet under vissa tider av året när man insåg att de började bli utrotningshotade. Att överträda lagar som denna var väldigt vanligt och det finns en berättelse om en sådan jakt. ”På en av skärgårdsöarna var två män ute och åkte skidor på skaren i skogen. Då fick de syn på en älg, som de började förfölja. Älgen, som gick genom skaren, blev till sist utmattad och upphunnen. Männen hade inget gevär, så en av dem tog sin kniv och stack ut ögonen på älgen så den inte kunde smita. Sedan åkte de hem och hämtade gevär och sköt älgen. Mannen med kniven kom senare att vara grovt synskadad under många år på sin ålders höst. ”
Idag finns det mycket älg på öarna men man får bara skjuta ett visst antal älgar per jaktlag, så många som länsstyrelsen tilldelat vardera jaktlag. Detta så att djuren inte ska bli utrotningshotade eller å andra sidan öka för mycket.
De senaste åren har även alltfler björnar börjat bosätta sig på öarna. De har även simmat emellan en del öar. Man har sett både björn och björnspår på Långön, Bastuskär, Norrespen, Sörespen och Småskär men ingen har skjutits.
Ett annat djur som börjat invadera skärgården är mårdhunden, som inte alls är bra för naturen. Den jagar på ett vilt sätt, vilket kan utgöra ett hot för småviltsfaunan. Den kan även bära på sjukdomar som rabies och dvärgbandsmask, vilket kan smitta oss människor via bär i skogen.