Luleå skärgård har långsamt stigit ur vattnet under 9000 år, och fortsätter även idag att stiga med omkring 8-9 mm/år. I framtiden kommer mest troligt landhöjningen att stagnera eftersom den globala uppvärmningen orsakar höjda havsvattennivåer. Landhöjningen gör Luleå skärgård väldigt ung och är på så vis en unik skärgård. Efter istiden var landarealen där Luleå kommun idag ligger väldigt liten och bestod endast av tre bergstoppar, resten har sedan stigit tillbaka.
Ljus och varierande skärgård, större variation än t.ex. Stockholms skärgård och Bohuslän. Det finns riktiga klippöar som Huvön likväl som stora sanddynor som Sandgrönnorna. Stora sandstråk som Sandögrönnorna och Skvalpen, Storheden, Kallaxheden och Karlsvik, Rödkallen mfl. Består av sand som har sköljts ner med Luleälven och bildat ett deltaland som sedan bildat öar. Det bräckta vattnet är också en faktor som gör Bottenvikens skärgård unik, det förekommer både salt-och sötvattensfiskar, även om förekomsten av saltvattensfiskar inte är direkt jämförbar med beståndet på västkusten. Den arktiska vikaresälen stortrivs i Bottenviken och ligger på isarna så länge det bara går. Ishavsgråsuggan som också är ett arktiskt djur och trivs i ishaven återfinns i stora mängder i Bottenviken och utgör en viktig del i näringskedjan. Arter som denna kom alltså i och med istiden och stannade kvar efter istiden. Finns också en unik blandning i fågellivet, fjäll-och skogsfåglar återfinns på många öar samtidigt som det finns rikligt av riktiga havsfåglar som Tobisgrisslan och Fiskgjusen.
I Bottenviken finns det också ett flertal endemiska växter som Gultåteln, Klapperögontröst och Bottenviksmalört. Strandvivan och den arktiska Grönlandsgåsört trivs finns också här vilket bevisar att det råder en arktisk miljö här i Bottenviken. Havtorn finns också här i Bottenviken och den växer endast på landhöjningsmark eftersom den inte tål någon konkurrens och måste ”vara först på stället”. Åkerbär trivs också på sådan landhöjningsmark.
Som sagt så gick kusten väldigt långt in i landet efter istiden då endast Snöberget, Bälingeberget och Storkrokberget stack upp ovanför vattenytan. Ett bevis på detta är det bl.a. i Sundom finns stora mängder av krossade blåmusselskal och andra musslor i grustag och diken. Detta förklarar varför det på en del ställen växer växter som har stort behov av kalk på kalkfattiga berggrunder, eftersom det där kan finnas fickor med krossade skal.
Många föråldrade namn är bevis på landhöjningen, t.ex. Gammelstadsviken som idag är en liten tjärn och Vattungen som döptes så eftersom det endast var några stenar som skvalpade vid ytan. Idag är öns högsta punkt 10 meter över havsnivån. Porsön och Hertsön och Hertsön var tidigare öar. Brändöskär är inte längre ett litet skär, utan en stor ö. Skillnaden i vattenståndet kan variera kraftigt i Bottenviken, beroende på lågtryck och högtryck samt vindar. Blåser det hårt nordligt och är högtryck så töms Bottenviken på vatten och vice versa. Vattenståndet kan skilja sig 3 meter och ändras flera dm per timme. Detta kan på vintern orsaka stora mängder flödvatten och arktiska packisvallar som blir uppemot 10 meter höga. Bottenviken är unik eftersom den är isbelagd varje år.
Människan har länge varit ute i skärgården och drivit jordbruk, men fisket har alltid varit det viktigaste. Än idag finns det kvar bofasta på öarna och på somrarna betar bl.a. fjällkor och renar på skärgårdsöarna. Fisket och inte minst den unika löjrommen är väldigt viktiga inkomstkällor för de bofasta.